水产EM菌种有效微生物渗入水体后，能抑制病原微生物和有害物质，调整养殖生态环境，提高水中溶氧量，促进养殖生态系中的正常菌群和有益藻类活化生长，保持养殖水体的生态平衡；拌入饵料投喂，直接增强鱼类的吸收功能和防病抗逆能力，促进健壮生长。ＥＭ有效微生物中的光合菌还能利用水中的硫化氢、有机酸、氨及氨基酸兼有反硝化作用消除水中的亚硝酸铵，从而净化养殖池中的排泄物和残饵，改善水质，减少鱼病。主要作用为：
1．减少病原微生物和不良藻类；明显增强养殖对象的免疫力和抗病性，提高成活率。用户反映，ＥＭ有效微生物可使蟹苗成活率提高近一倍，中华石斑鱼成活率由30％提高到70％以上，更是多种虾病的克星。
2．浮游动物、有益藻类增多，特别是红虫明显增多。
3．稳定和改善水质，水体清爽，不臭不腐，无硫化氢、氨气等异味，能见度在25-50厘米的时间长且稳定，换水时间延长2倍。
4．鱼虾粪、下脚料等不会变成淤泥而呈散沙状。
5．促进生长，增重率明显提高。同等环境下，用ＥＭ有效微生物可提前10-15 天上市，平均亩产提高20％～35％以上，产卵量增加25％以上，产卵时间延长。试验表明，常温新鳖池用ＥＭ有效微生物后，产卵时间延长近70 天，且孵化率好，饵料不臭。北京郊区某渔场试验组鱼苗体重为对照组的两倍。厦门某学院小面积对虾试验中，体重增重率达166.7％。
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